La historia del puerto de Scilla está estrechamente ligada a la de su ciudad, cuyos orígenes milenarios mezclan mitología, historia, leyenda e imágenes creadas por el sugerente paisaje que la rodea. Según cuenta la tradición, Scilla, hija del rey de Megara, ayudó al rey Minos a conquistar unas tierras que estaban bajo el dominio de su propio padre.

Al final de aquella terrible historia, el rey cretense se negó a casarse con ella y la abandonó a merced de las olas del mar, que llevaron su cuerpo hasta los pies del promontorio situado a 12 millas de Messina, al que se le dio, por eso, el nombre de la joven. Según fuentes históricas, oleadas de pueblos que llegaban del mar y se dirigían hacia el sur habrían fundado posteriormente algunas aldeas a lo largo de las terrazas más bajas de la cordillera del Aspromonte.

Como eran pueblos de pescadores, probablemente eligieron como lugar de asentamiento la zona cercana al acantilado central de Scilla, donde la presencia de un montón de rocas facilitaba la pesca y, al mismo tiempo, permitía construir cabañas rudimentarias. De hecho, el puerto de Scilla está justo debajo del acantilado donde hoy se alza el Castillo de los Ruffo de Scilla.

A lo largo de los siglos, este puerto ha sido un refugio para los barcos que cruzaban el estrecho de Mesina, y luego se convirtió en un puerto pesquero, ya que la pesca era la principal actividad de la gente de aquí. Aún hoy, en la única rampa del puerto, se ven las barcas de los pescadores listas para hacerse a la mar en busca de pesca. En el muelle suelen estar amarradas las barcas para la pesca del pez espada, un tipo de pesca muy común en la zona.

El puerto de Scilla está formado por un muelle con forma de «L» que se extiende en dirección norte-sureste y cuenta con muelles en la parte interior, con amarras, y un único muelle con rampa: el muelle Ruffo di Calabria se usa para la navegación de recreo, el llamado Scoglio di Ulisse está dedicado a los barcos de pesca, mientras que el muelle exterior se usa con fines comerciales y para los anclajes de las embarcaciones de la policía.

El fondo rocoso se vuelve especialmente peligroso debido a la aparición de algunas rocas en la superficie en presencia de corrientes marinas especialmente fuertes y en los días en que sopla el libeccio (viento del suroeste).

Los servicios náuticos los gestiona Boat Service, que ha instalado cerca del puerto dos campos de boyas ecológicas con 100 amarres, operativos del 1 de mayo al 30 de septiembre, construidos con cables suspendidos sujetos a las piedras y los peñascos naturales del fondo. El servicio incluye el amarre de la embarcación, vigilancia continua y el transporte de ida y vuelta a bordo del ferry. La empresa gestora ha firmado un acuerdo con los astilleros para el almacenamiento invernal y el mantenimiento, lo que te permite dejar la embarcación en custodia durante todo el año.

Otra actividad de Scilla que no para de crecer es, claro, el turismo. La ciudad atrae a muchos turistas no solo por el mar y las playas, sino también por sus bellezas naturales y sus obras arquitectónicas: de hecho, en verano hay muchos amarres disponibles en el puerto para los que se alojan en Scilla y vienen con su propia embarcación.