La vida y las actividades del puerto de Otranto están íntimamente ligadas a su ciudad y a los acontecimientos históricos que la han marcado a lo largo de los siglos. Como esta ciudad del Salento es un destino esencialmente turístico, el puerto siempre ha sido también un lugar importante para recibir las embarcaciones de los visitantes o el punto de partida de transbordadores y lanchas.

Hasta 1999 había un servicio de transbordadores que conectaba algunas zonas de Grecia y Albania.

Hoy en día, en cambio, suele ser el escenario de auténticos viajes de esperanza para las poblaciones vecinas que cruzan clandestinamente el Adriático y desembarcan aquí en busca de una vida mejor. Tanto ayer como hoy, pues, este puerto es algo muy importante para todo el Salento: un vínculo con Oriente y un nudo importante para el comercio, pero también desde el punto de vista estratégico y militar. De hecho, la Liga Naval tiene aquí su sede desde hace casi cuarenta años.

El puerto de Otranto es como un pequeño golfo en el que atracan embarcaciones de todo tipo y se caracteriza por una amplia ensenada protegida, en cierta medida, por el muelle de San Nicola, de tres brazos, que cuenta con embarcaderos y numerosos pontones orientados hacia la costa. Los puertos tienen capacidad para hasta 390 amarres de hasta 20 m de eslora, de los cuales solo 10 están reservados para el tránsito.

Además del turismo, la economía de Otranto se basa en la pesca, por lo que en los puertos hay un animado bullicio de barcos pesqueros, paranze (barcas de pesca) y embarcaciones en general que contribuyen a recrear el ambiente típico de los lugares donde el hombre compite con la naturaleza por la supervivencia.

En cuanto al aspecto comercial, además de la pesca, el puerto sigue siendo un punto clave para rutas y intercambios importantes, sobre todo de materiales para la producción industrial, como el cemento, la cal y los depósitos de plástico. Hasta 1994, también había buques mercantes que transportaban tabaco.

Por último, no hay que subestimar el aspecto puramente característico y relacionado con el ambiente que el puerto consigue transmitir a toda la población: desde muchos puntos destacados de la Ciudad, de hecho, puedes disfrutar de unas vistas impresionantes en las que el puerto iluminado representa, en cierto modo, el intento del hombre por dominar el mar. Un bonito paseo marítimo hace que el paseo al atardecer por los muelles sea muy evocador.

En 2006, este puerto recibió las cinco velas de Legambiente por la calidad medioambiental de su protección de los recursos medioambientales de su territorio: calidad de las aguas de baño, recogida diferenciada de residuos, gestión de los recursos hídricos, creación de zonas peatonales, protección del centro histórico, etc. En definitiva, todo aquello que contribuya a un desarrollo sostenible que aumente la demanda de un turismo de calidad, basado en la búsqueda de unas vacaciones saludables vividas en armonía con el entorno.

Sin embargo, desde hace casi un año se ha presentado una carta de protesta contra las autoridades regionales para que rechacen el proyecto de remodelación de los puertos.

Según la Superintendencia de Paisaje de la región de Apulia, el proyecto alteraría la zona costera y transformaría de forma irreparable la percepción y el panorama tanto desde tierra como desde el mar, lo que afectaría al paisaje. Además, también se verían alteradas las vistas desde y hacia el casco antiguo, tanto de día como de noche, cuando la iluminación del puerto cubriría todo el casco antiguo con sus monumentos, las murallas y la histórica bahía del puerto.