El puerto de Mazara del Vallo es el único puerto-canal de Secilia. Se divide en tres dársenas: el antepuerto, la dársena de pesca (o puerto nuevo) y el puerto-canal. La historia del puerto-canal tiene orígenes muy antiguos; construido en la desembocadura del río Mazaro, siempre ha sido un punto de referencia importante para el tráfico marítimo en el Mediterráneo.

En el año 600 a.C., los griegos también lo utilizaron como emporio comercial; los romanos siguieron considerándolo un punto de referencia para su comercio marítimo, pero fue con los árabes cuando el puerto de Mazara del Vallo empezó a contarse entre los principales puertos de la isla.

Entre 1800 y 1900 se asistió al nacimiento de la gran flota pesquera, que hoy en día cuenta con más de 4300 embarcaciones. De hecho, el puerto es la principal base de barcos de pesca de altura de todo el Mediterráneo, con una producción anual de unos 200 000 quintales de pescado.

El puerto comercial está protegido al este por un dique de protección y por el muelle de Levante; al oeste, en cambio, la protección la proporciona el nuevo muelle de Ponente. Para poder acceder a la dársena del puerto comercial, hay que ponerse en contacto previamente con la autoridad marítima.

Para entrar, hay que ceñirse a la línea central de la entrada a los puertos, que es fácilmente identificable, ya que está marcada por tres farolas: una con destellos rojos en la cabeza del nuevo muelle occidental, otra con destellos verdes en la cabeza del espigón curvo y otra con una luz roja fija, que señala el extremo sur del muelle meridional.

La profundidad del fondo marino varía mucho. En la dársena exterior, la profundidad es de unos 6-7 metros; en el puerto nuevo ronda los 5 metros, mientras que en el puerto canal oscila entre los 2 y los 3 metros.

El puerto de Mazara del Vallo cumple muchas funciones importantes. En primer lugar, es un puerto industrial, ya que cuenta con un gran número de astilleros; en concreto, se dedican a la construcción de embarcaciones de tonelaje medio y ofrecen todo tipo de reparaciones para cascos y motores gracias a sus numerosos talleres mecánicos.

Los puertos también desempeñan la función de suministro de petróleo, gracias a la existencia de un depósito costero de combustible.

El movimiento comercial se produce en los muelles de Mokarta, donde atracan los cruceros en tránsito, y Ruggero II, este último equipado con cuatro silos para almacenar cemento a granel.

Los servicios de pasajeros se realizan en el muelle Ammiraglio Francese, situado en la dársena del Puerto Nuevo, y en el muelle Giovan Battista Quinci, situado en el lado este de la salida del puerto.

Las embarcaciones pequeñas pueden repostar agua en los muelles del Molo C.te Caito. Los muelles también tienen tomas de corriente y cabinas telefónicas.

Para las embarcaciones de recreo no hay ningún muelle de varada. Dentro del puerto no hay ninguna gasolinera, pero hay algunas en los alrededores.

Cerca del puerto de Mazara del Vallo hay dos pequeños puertos deportivos: el puerto deportivo ADINA, gestionado por la Asociación de Navegantes Recreativos de Mazara, y el pequeño puerto de S. Vito. Este último está a 0,7 NM al este del puerto comercial y está formado por un rompeolas de 90 metros de largo y un rompeolas de fondo. Tras la orden de desalojo de la Capitanía del puerto, el pequeño puerto de S. Vito está actualmente en desuso.